在水利部和黃委的大力支持下，內蒙古從2003年開展黃河流域水權轉讓試點工作。全區水權轉讓工作分兩個階段：第一階段為盟市內水權轉讓階段；第二階段為跨盟市的水權轉讓。
目前，盟市內水權轉換進展總體順利，解決了50多個工業項目用水，為沿黃灌區籌措了30余億元節水改造資金，取得了“多贏”的效果。通過水權有償轉讓，形成了以工業發展反哺農業，以農業節水支持工業發展用水，經濟社會、資源環境協調發展的良性運行機制，走出了一條成功解決干旱地區經濟社會發展用水的新路子。
從2003年開始，開展了黃河流域水權轉讓試點工作，總體工作進展總體順利。
2006年以前，黃委會批復鄂爾多斯市6個項目，即達電四期、鄂絨電廠、億利PVC項目、準旗大飯鋪電廠（一期）、魏家峁電廠、新奧化工項目，轉換水量為0.7748億立方米，總投資為4.05億元。到2006年底，這6個項目水權轉換項目中灌區節水改造工程已經全部完成，共完成鄂爾多斯市黃河南岸灌區126公里總干渠的襯砌任務，并對1萬畝農田的干支斗農毛渠道進行襯砌改造。鄂絨電廠節水改造工程和取水工程分別于2007年和2006年通過水利廳和黃委的驗收和核驗。
在總結上述6家工程實施經驗的基礎上，分別實施鄂爾多斯市政府提出統一組織節水工程的建設，從過去的“點對點”方式改為“點對面”。 2007年底，該項目節水工程已按照批復實施完畢，共完成投資3.15億元，襯砌總干渠7.33公里，分干渠19.8公里，支渠137.52公里，農渠708公里及配套建筑物等，單方水工程造價約為6.01元。
鄂爾多斯市水權轉讓一期節水改造工程已完成，累計完成投資6.9億元，轉讓水量1.3億立方米。鄂爾多斯水權轉讓二期工程轉讓水量約1億立方米，節水改造工程已完成工程總投資的70%以上，計劃2014年年底全部完成。
為了進一步調整自治區黃河流域用水結構，早在2006年，自治區下發了《關于進一步調整黃河用水結構有關事宜的通知》，擬從河套灌區調整3.6億立方米引黃水量，用于沿黃5盟市工業發展的后備水源，此引黃指標需通過水權轉換方式取得。
隨著自治區經濟社會的發展和京津冀地區對清潔能源需求的加大，沿黃工業項目需水大幅度增加，據統計，僅鄂爾多斯市目前因無水指標而無法開展前期工作的項目達300余個，需水達5億立方米左右。通過近年盟市內水權轉換試點工作，除河套以外，其他灌區的節水潛力已經不大。河套灌區引黃用水量占全區引黃總量的80%左右，其灌溉水利用系數不足0.40，用水浪費嚴重，節水潛力在10億立方米左右。
2014年4月，黃委批復了《內蒙古黃河干流水權盟市間轉讓河套灌區沈烏灌域試點工程可行性研究報告》。通過企業投資河套灌區進行節水改造工程建設，以及整合大型灌區節水改造等項目的投入，2020年以前完成河套灌區節水改造工程建設，節水量10億立方米左右。
今后，自治區水利廳進一步探索將河套灌區水指標分配到戶、秋澆灌溉制度改革等模式，推進水權轉讓工作更好實施。
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