經歷多年治污曲折之后，導致我國水危機愈演愈烈的原因已經非常清晰：偏低的行業污染物排放標準、地方政府縱容下的企業肆意枉法、在財政制約下污水處理廠建設和運行的無力以及軟弱無力的行政監管和處罰。這一切的癥結在于政府治理。
世界自然保護聯盟水資源項目主任吉爾·博格坎普曾經說過，“目前世界最大的水危機其實不是水資源的危機，而是水管理和水利用的危機，我們必須更加高效、可持續的使用現有水資源”。劉坤喆：《“水管理”才是解決世界水危機的根本所在——專訪世界自然保護聯盟水資源項目主任吉爾·博格坎普》，《世界環境》2006年第5期。
水危機出現的最為重要的原因，是我國水資源管理水平的總體性落后。我國現行水環境管理沒有基于流域水生態系統與社會經濟發展的特點，標準體系不夠完善，特別是缺乏對水環境基準的研究工作，現行污染物排放標準與水環境質量標準也存在可操作性不強等諸多問題，標準的科學性和可操作性成為環境管理工作的難點，阻礙了我國環境管理措施的實施。
水環境管理應該從水質管理、污染防治向生態管理轉變，從水陸并行管理向水陸綜合管理轉變，從流域生態系統健康角度制訂流域管理措施，建立基于水生態分區的流域管理技術體系，完善流域水生態監控指標體系，制訂水化學標準、富營養化標準和水生生物監測標準，開展河流與湖泊的生態系統完整性評價。
加大對城市污水處理設施的投入，提高城市污水處理率，加強對現有污水處理管網的維護，提高現有城市污水處理的水平，現有城市污水處理技術及設備力爭達到成套化、產業化，在去除常規有機物的同時，繼續提高除磷脫氮效率，以防止湖泊水體富營養化的進一步加劇。
環境監控與應急體系也應該逐步完善。目前的體系不能夠對企業排污負荷進行全面監督，不能對工業污染物控制效果進行有效的監督管理，對水污染事故的反應不夠及時。
完善流域水環境管理法律法規的需求。嚴格執行我國的水污染排放標準、環境質量標準，加大執法力度，賦予環保執法以剛性，解決環保違法處罰難的問題。
應該考慮建立起多尺度、多信息源的流域環境監測體系，建立完善環境監測管理體制與運行機制。為水污染事故的高效應急機制提供技術支持，水污染事故的“預防、預警、應急”三位一體的管理體系，提高對環境突發性事件的應急監測能力、分析和判斷能力、污染控制能力。
此外，應該提高飲用水水源地水質監測和檢測能力，并公開檢測信息，保證人民身體健康。
可以適度考慮各城市的財政水平，制訂分等級標準，強化城市飲用水源地水質的監測和監測能力。目前我國已在全國19個城市發布了飲用水源地的水質旬報，更多的城市也應該對該類信息公開。上海自來水市北公司已于2001年2月按國際慣例向用戶公布年度水質，這種做法應在其他特大型城市中推廣。
目前我國還沒有從人體健康出發的飲用水水源地水質標準，應由水利、衛生、建設和環保部門聯合起來，抓緊制訂，以此嚴格要求，提高污水處理標準，從源頭保證自來水達標，讓居民，尤其是城市居民的飲用水和生活用水有可靠的保證。
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